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参考:Biopython 安装

Biopython 安装

本节解释了如何在你的机器上安装Biopython。它的安装非常简单,不会超过5分钟。

第1步 - 验证Python的安装

Biopython被设计为与Python 2.5或更高版本一起工作。因此,必须先安装Python。在你的命令提示符下运行以下命令

> python --version

它的定义如下 –

Biopython - 安装

它显示python的版本,如果安装正确的话。否则,请下载最新版本的python,安装后再运行该命令。

第2步 - 使用pip安装Biopython

在所有平台上使用pip从命令行安装Biopython是很容易的。键入下面的命令 –

> pip install biopython

在你的屏幕上将看到以下反应—

Biopython - 安装

对于更新旧版本的Biopython —

> pip install biopython –-upgrade

在你的屏幕上将看到以下反应—

Biopython - 安装

执行这个命令后,在安装最新版本之前,旧版本的Biopython和NumPy(Biopython依赖于它)将被删除。

第3步 - 验证Biopython的安装

现在,你已经成功地在你的机器上安装了Biopython。为了验证正确安装了Biopython,请在python控制台中输入以下命令 −

Biopython - 安装

它显示了Biopython的版本。

替代方法 – 使用源代码安装Biopython

要使用源代码安装Biopython,请按照下面的说明:

 

从以下链接下载Biopython的最新版本 –https://biopython.org/wiki/Download

截至目前,最新的版本是 biopython-1.72 。

下载该文件并解压压缩档案文件,移动到源代码文件夹,并输入以下命令 –

> python setup.py build

这将从源代码中构建Biopython,如下所示-

Biopython - 安装

现在,使用下面的命令测试代码 –

> python setup.py test

Biopython - 安装

最后,使用下面的命令进行安装 –

> python setup.py install

Biopython - 安装




出处:https://www.cnblogs.com/charlesding/p/17216853.html


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